惠州市中心人民醫院成立于1950年2月，其前身是當時的中國人民解放軍粵贛湘邊縱隊白云醫院10多名留守人員和40多名醫訓班畢業人員組建的東江醫院。
隨著惠州行政區劃的更迭，醫院也多次更名。分別為：東江區中心衛生院、粵東區第四人民醫院、粵東區第三人民、惠陽專區人民醫院。1958年冬，惠陽專員公署撤銷建制，惠陽專區人民醫院也同時撤銷。
直至1963年夏，惠陽專區又恢復建制，遂在原惠陽縣人民醫院之基礎上，又重新組建惠陽專區人民醫院。1988年，"撤地設市"遂改用今名。
惠州市中心人民醫院，自1950年成立以來，歷經50多年風雨滄桑，如今正以其空前的建院規模，雄厚的技術力量，先進的醫療設備，優良的服務質量傲立于惠州杏林之巔，成為集醫療、教學、科研、預防、保健、康復、急救于一體的公立大型綜合性三級甲等醫院、國際愛嬰醫院、國際緊急救援中心網絡醫院、全國百佳醫院。
惠州市中心人民醫院是經廣東省人民政府和廣東省教育廳批準的廣東省碩士研究生培養基地，是中山大學非直屬附屬惠州醫院、廣東醫學院非直屬附屬惠州醫院。
醫院占地面積10.004萬平方米，醫療用房15.6854萬平方米。編制病床2005張，在職員工總數2124人，其中高級職稱專家371人，醫學博士9人，碩士研究生174人，碩士研究生導師6人，享受國務院特殊津貼專家3人，省、市名中醫2人，惠州市拔尖人才3人，惠州市名醫6人。年門（急）診病人124萬人次，住院病人4.3萬人次，年手術總數22181臺，擁有萬元以上各類先進醫療設備1120臺（套），固定資產總值達7.49億元。
醫院設院本部、一分院（下埔）、二分院（鐵路）及江北院區，有17個臨床一級科室，21個二級專業分科，9個醫技科室，擁有省級重點專科2個。已開展放射介入治療、腔鏡技術、顯微微創手術、急危重癥搶救監護治療、康復等一大批高、難、新技術項目。近年來，承擔市級以上科研課題108項，其中省級以上科研課題17項，獲得市級以上科研成果獎4項，醫院綜合實力居全省同級醫院前列。