上海交通大學(xué)腫瘤研究所（上海市腫瘤研究所）成立于1958年。1980年經(jīng)世界衛(wèi)生組織確認(rèn)為世界衛(wèi)生組織癌癥研究合作中心之一。屬上海市衛(wèi)生局領(lǐng)導(dǎo)的獨(dú)立研究機(jī)構(gòu)，2003年經(jīng)教育部批準(zhǔn)由上海市衛(wèi)生局與上海市交通大學(xué)共建上海交通大學(xué)腫瘤研究所。上海交通大學(xué)腫瘤研究所主要由流行病學(xué)、生物化學(xué)及分子生物學(xué)、化學(xué)致癌、細(xì)胞與分子免疫學(xué)以及生化與分子診斷、實(shí)驗(yàn)病理研究室、腫瘤病因?qū)W研究室、同位素室等組成。1985年經(jīng)國家計(jì)委批準(zhǔn)在生物化學(xué)及分子生物學(xué)研究室的基礎(chǔ)上，建立癌基因及相關(guān)基因國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。全所現(xiàn)有工作人員115人，其中科技人員106人，有中國工程院院士2人，具高級職稱者23人。上海交通大學(xué)腫瘤研究所的方向和任務(wù)主要是惡性腫瘤的流行病學(xué)與病因?qū)W研究，腫瘤發(fā)病機(jī)理的探索以及發(fā)展基因診斷和基因治療、細(xì)胞及免疫學(xué)診斷和治療等生物高科技研究，探索腫瘤防治的新途徑。上海交通大學(xué)腫瘤研究所各研究室擁有一批較先進(jìn)的科學(xué)儀器設(shè)備，具有較好的研究實(shí)驗(yàn)條件。癌基因與相關(guān)基因國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的主攻方向是腫瘤及細(xì)胞生長相關(guān)的人功能基因組學(xué)研究及基因治療研究。1996年由國家科委與上海市科委共建基因治療研究中試上海基地。先后與市臨床單位、中國科學(xué)院生物工程研究中心、復(fù)旦大學(xué)、肝癌高發(fā)現(xiàn)場啟東肝癌研究所等建立了合作網(wǎng)絡(luò)。“八五”和“九五”期間，上海交通大學(xué)腫瘤研究所承擔(dān)的國家項(xiàng)目有：“八六三”高技術(shù)、國家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究(973)項(xiàng)目、攻關(guān)項(xiàng)目、自然科學(xué)基金重大項(xiàng)目等。此外，研究所還與國內(nèi)外著名的大學(xué)、研究所聯(lián)合申請課題，進(jìn)行多項(xiàng)合作研究。例如，與美國國立衛(wèi)生院（NIH）/國立癌癥研究所（NCI）合作。在上海市區(qū)開展大規(guī)模全人群流行病研究課題。先后共發(fā)表600余篇學(xué)術(shù)論文，取得重要成果24項(xiàng)，授權(quán)專利3項(xiàng)。培養(yǎng)了博士后、博士、碩士等大批科研人才。上海交通大學(xué)腫瘤研究所與國內(nèi)外交往非常密切，歷年來己與20多個國家和地區(qū)的科技人員進(jìn)行了學(xué)術(shù)交流，還聘請了3位國外著名專家任研究室顧問。所內(nèi)研究人員也經(jīng)常應(yīng)邀前往世界許多國家和地區(qū)參加國際性學(xué)術(shù)會議，考察訪問和合作研究等。上海交通大學(xué)腫瘤研究所自1979年起開始招收生物化學(xué)及免疫學(xué)專業(yè)碩士研究生，學(xué)位由第二醫(yī)科大學(xué)授予，1979年-1988年共招收和培養(yǎng)20名學(xué)生；1983年-1987年又掛靠在上海醫(yī)科大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院招收和培養(yǎng)流行病學(xué)與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)專業(yè)碩士研究生。畢業(yè)學(xué)生6名；自1992年起，至今培養(yǎng)和畢業(yè)了77名學(xué)生。研究所目前共有研究生導(dǎo)師十名（博士生導(dǎo)師4名、碩士生導(dǎo)師6名），招生專業(yè)為病原生物學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)、免疫學(xué)、流行病學(xué)與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)。上海交通大學(xué)腫瘤研究所各研究室擁有一批較先進(jìn)的科學(xué)儀器設(shè)備，具有較好的研究實(shí)驗(yàn)條件。負(fù)責(zé)主辦的《腫瘤》雜志創(chuàng)刊于1981年，自1985年以來列為國家核心期刊之一。