東方醫(yī)院籌建于1986年,于1999年12月12日正式開業(yè)，是北京中醫(yī)藥大學第二臨床醫(yī)學院，國家中醫(yī)藥管理局直管單位，國家中醫(yī)臨床研究建設(shè)單位，是一所特色明顯、功能齊全、設(shè)備先進，集醫(yī)療、教學、科研、預防和健康咨詢?yōu)橐惑w的三級甲等中醫(yī)醫(yī)院，是教育部211工程建設(shè)的中醫(yī)藥大學附屬醫(yī)院，北京市醫(yī)療保險定點醫(yī)院。2011年6月，北京中醫(yī)藥大學東方醫(yī)院正式接收北京二七機車廠醫(yī)院，命名為北京中醫(yī)藥大學東方醫(yī)院西院區(qū)(二七院區(qū))。2015年5月25日東方醫(yī)院正式簽約大興南院區(qū)，命名為北京中醫(yī)藥大學東方醫(yī)院南院區(qū)。醫(yī)院現(xiàn)為一院三區(qū)：即東方醫(yī)院方莊院區(qū)、東方醫(yī)院二七院區(qū)(二七院區(qū))、東方醫(yī)院南院區(qū)。總占地面積5.68萬平方米，總建筑面積12.45萬平方米。
　　東方醫(yī)院目前編制床位為1175張，其中：方莊院區(qū)開放編制800張(目前實際開放730張);二七院區(qū)編制床位375張，將逐漸開放;南院區(qū)正在建設(shè)中。目前東方醫(yī)院日均門診量達到7500多人次。設(shè)有臨床、醫(yī)技科室38個。醫(yī)院技術(shù)力量雄厚，診療方法是以中醫(yī)為主、中西醫(yī)結(jié)合。醫(yī)院現(xiàn)有高級職稱204名;有博士生導師28名、碩士生導師60名;4名專家享受政府特殊津貼;8名專家被國家確定為師承制教育導師;9名專家被確定為北京市老中醫(yī)藥專家學術(shù)經(jīng)驗繼承工作指導老師;另外還有一大批中青年學科、專科帶頭人。
　　東方醫(yī)院現(xiàn)有國家衛(wèi)計委臨床重點專科中醫(yī)建設(shè)項目6個，分別是腦病科、心血管科、婦科、肺病科、脾胃病科、護理學，同時是衛(wèi)生部國家腦卒中篩查與防治基地;國家中醫(yī)藥管理局重點專科項目14個，分別是腦病科、周圍血管科、腎病科、心血管科、婦科、眼科、肺病科、脾胃病科、兒科、皮膚科、耳鼻喉科、腫瘤科、護理學、預防保健科(治未病中心);有北京市中醫(yī)特色診療中心8個，分別是呼吸病中醫(yī)特色診療中心、腦病中醫(yī)特色診療中心、兒科中醫(yī)特色診療中心、推拿科中醫(yī)特色診療中心、肛腸科中醫(yī)特色診療中心、耳鼻喉科中醫(yī)特色診療中心、婦科中醫(yī)特色診療中心、治未病中心，北京市中醫(yī)藥管理局重點專科5個，分別是針灸科、骨科、內(nèi)分泌科、急診科、臨床藥學;擁有醫(yī)師培訓基地2個，分別是北京中醫(yī)類別全科醫(yī)生規(guī)范化培訓基地、北京市中醫(yī)住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地，另有北京市中醫(yī)病案質(zhì)控中心、北京市中醫(yī)技術(shù)質(zhì)控中心落戶該院。
　　東方醫(yī)院重視發(fā)展中醫(yī)，特色鮮明，優(yōu)勢明顯。以近百種中醫(yī)特色治療方法為主，輔之以現(xiàn)代化診療手段，在治療各種常見病、疑難病等方面，均有豐富的經(jīng)驗和獨特的療效。為廣大患者提供了及時有效、安全便捷、周到熱情、價格合理、技術(shù)精湛的醫(yī)療服務。
　　開院至今醫(yī)院開展了包括國家“973”計劃課題、國家科技攻關(guān)(支撐)計劃課題、國家自然科學基金課題、教育部課題、國家中醫(yī)藥管理局課題、北京市課題等在內(nèi)的共854項科學研究，其中主持國家級課題85項，省部級課題171項，獲各級科技成果獎61項。現(xiàn)擁有國家中醫(yī)藥管理局細胞分子技術(shù)三級實驗室，是國家食品藥品監(jiān)督管理局藥物臨床試驗機構(gòu)，并涵蓋了15個新藥臨床試驗專業(yè)。醫(yī)院目前承擔著國家教育部“211工程”三期重點學科建設(shè)項目，是國家中醫(yī)藥管理局重點研究室、北京市重點學科建設(shè)單位。中華中醫(yī)藥學會耳鼻喉科分會、中華中醫(yī)藥學會脈管病專業(yè)委員會、全國中醫(yī)性學專業(yè)委員會及北京市等多個學術(shù)團體的主任委員或托管單位。北京市“薪火工程”名老中醫(yī)楊甲三教授、劉弼臣教授、王永炎院士、韋玉英教授、王沛教授、周平安教授、廖家楨學術(shù)傳承研究及工作室站的建設(shè)單位設(shè)在東方醫(yī)院。目前，該院中醫(yī)學是國家教育部重點二級學科，其中包括中醫(yī)內(nèi)科學、中醫(yī)外科學、中醫(yī)婦科學、中醫(yī)兒科學、中醫(yī)骨傷科學、中醫(yī)五官科學6個重點三級學科。“十一五”期間，國家中醫(yī)藥管理局批準該院為中西醫(yī)結(jié)合臨床、中醫(yī)婦科學建設(shè)單位，“十二五”期間新增中醫(yī)腦病學、中醫(yī)痹病學、中醫(yī)兒科學、中醫(yī)耳鼻喉科學、中醫(yī)眼科學、中醫(yī)肛腸病學、中醫(yī)周圍血管病學7個重點學科。2012年該院被批準為國家中醫(yī)藥管理局標準研究推廣基地，包括呼吸熱病、耳鼻咽喉病、心血管病、脾胃病、風濕病、腫瘤、婦科等22個專業(yè)。
　　作為北京中醫(yī)藥大學第二臨床醫(yī)學院，為國家培養(yǎng)了一批高素質(zhì)專門人才。學院現(xiàn)設(shè)有中醫(yī)內(nèi)科專業(yè)、中醫(yī)外科專業(yè)、中醫(yī)婦科專業(yè)、中醫(yī)兒科專業(yè)、針灸推拿專業(yè)、中西醫(yī)結(jié)合臨床專業(yè)等11個研究生招生專業(yè)，建有中醫(yī)學、中西醫(yī)結(jié)合博士后流動站，現(xiàn)有博士學位授權(quán)點8個，碩士學位授權(quán)點11個，共設(shè)內(nèi)、外、婦、兒等19個臨床教研室，擁有醫(yī)療教學床位730張，是全國中醫(yī)藥高等教育學會臨床教育研究會的常務理事單位等。目前，醫(yī)院承擔有該校五年制、七年制中醫(yī)臨床科研方向班、七年制中西醫(yī)結(jié)合方向班和北京中醫(yī)藥大學--新加坡南洋理工大學中醫(yī)--生物雙學位項目班臨床課課堂授課、見實習、研究生教學等任務。
　　醫(yī)院裝備100萬以上的先進醫(yī)療設(shè)備共有24件。并配有現(xiàn)代化的手術(shù)室、監(jiān)護室以及健身、藥浴、功能康復等設(shè)施。
　　醫(yī)院將以“大醫(yī)精誠、救死扶傷、患者至上”為宗旨，以“精益求精、誠信為本、弘揚國粹、傳承創(chuàng)新”為理念，竭誠為廣大患者服務。