昌平中醫院始建于1984年的昌平縣中醫門診部，于1992年12月26日正式建院。建院十年來，醫院靠科學管理治院，以改革統攬全局，以不斷創新求發展，確定了“以病人為中心，以質量為核心，以特色為優勢”的辦院方針，以“優質、高效、低消耗”為總體目標，走科技興院之路。全院干部職工同心同德，積極進取，銳意改革，使醫院的醫、教、研、防各項工作均得到了全面發展和提高。1995年6月被聯合國基金會、世界衛生組織、國家衛生部命名為“愛嬰醫院”；同年10月，被國家中醫藥管理局評為“二級甲等中醫醫院”。現已成為昌平地區集中醫醫療、教學、科研、防保、康復為一體的綜合性中醫醫院。

昌平中醫院占地面積25.6畝，建筑面積16880平方米，資產總計過億元，其中醫療設備6927萬元。現有職工567人，其中衛生技術人員占全院職工總數的82%，高級職稱45人，中級職稱117人，初級職稱330人。年門診量44.3萬人次，開設病床285張，年住院人次8000余人次，平均床位使用率為90%。醫院設有內、外、婦、兒等22個臨床科室，市重點專科1個，院重點專科2個，醫技科室4個，病區10個，急救中心1個，分院2個。

昌平中醫院在取得“愛嬰醫院”和“二級甲等中醫醫院”稱號后，加大管理改革力度，全面突出以內涵建設為中心，推出“六新”管理改革機制：即培養引進高新技術人才、開展新技術、擴大新病源、推出新機制、增加新設備、實行全新優質服務。

昌平中醫院近年來堅持科技興醫、科教興院的戰略，獲得區、局科技進步獎16項。在國家級和省市級刊物上發表學術論文190篇，其中國家級146篇，省市級44篇。

昌平中醫院先后引進了日本日立醫療AIRIS-mate永磁型核磁共振、西門子Sequoia-512Signature型高檔彩色多普勒超聲診斷儀、aloka公司生產的ssd/alpha10新型彩超、日本日立醫療SF-VA200大型C臂血管造影裝置（DSA）、日本日立醫療DHF-105CX-9小C臂、HITACHIRADIX-PRONTO（XE）產螺旋CT、數字化乳腺機、日本OLYMPUS大型全自動生化分析儀（AU640）、數字化影像處理系統、放免儀、免疫發光儀、R-50X光機、麻醉機、監護儀、“費森尤斯”4008S血液透析濾過機、“費森尤斯”4008S血透機、主動脈球囊反搏泵、奧林巴斯V70電子胃腸鏡、蛇牌腹腔鏡、陰道鏡、關節鏡及重癥監護設備等大型醫療設備，使醫院診斷治療水平得到了長足發展。

昌平中醫院為滿足廣大患者需求，醫院設有普通門診和專家門診，住院部設有普通病房和高級病房，實行全年365天無假日門診，隨時為患者提供全員、全程、全方位優質服務。2003年12月一棟3128.66平方米的五層新的綜合病房大樓竣工并投入使用。昌平區中醫院全體員工正向著現代化綜合性中醫醫院的目標而奮力進取！