地理與湖泊研究所的前身系1940年8月在重慶北碚成立的中國地理研究所，是全國唯一以湖泊-流域系統(tǒng)為主要研究對象的綜合研究機(jī)構(gòu)。研究所的戰(zhàn)略定位是開展自然和人文要素驅(qū)動(dòng)下湖泊－流域系統(tǒng)過程、格局及其相互作用與調(diào)控機(jī)理研究，為湖泊環(huán)境保護(hù)與資源合理利用、湖泊-流域系統(tǒng)演變與調(diào)控、區(qū)域可持續(xù)發(fā)展做出基礎(chǔ)性、戰(zhàn)略性和前瞻性貢獻(xiàn)。研究所主要面向湖泊水環(huán)境治理與生態(tài)修復(fù)、區(qū)域可持續(xù)發(fā)展規(guī)劃與評估兩大應(yīng)用研究領(lǐng)域，重點(diǎn)發(fā)展物理湖泊與水文、湖泊生物與生態(tài)、湖泊沉積與環(huán)境演化、湖泊環(huán)境與工程、湖泊-流域過程與調(diào)控、流域資源與生態(tài)環(huán)境、區(qū)域人文經(jīng)濟(jì)地理和遙感與地理信息科學(xué)等八個(gè)學(xué)科方向。現(xiàn)設(shè)有湖泊與環(huán)境國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中國科學(xué)院流域地理學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、湖泊野外觀測站（含太湖湖泊生態(tài)系統(tǒng)研究站、鄱陽湖湖泊濕地觀測研究站、撫仙湖高原深水湖泊研究站、呼倫湖生態(tài)系統(tǒng)定位觀測研究站、天目湖流域觀測研究站和東非大湖與城市生態(tài)研究站）、湖泊-流域數(shù)據(jù)集成與模擬中心以及所級公共技術(shù)服務(wù)中心。