中心是2004年1月20日經雅安市人民政府批準成立，前身為西康省衛生防疫站，歷經了7次變革，是主要從事疾病預防控制與公共衛生技術管理和服務的市級公益一類事業單位。其主要職責為：承擔全市傳染病、寄生蟲病、地方病、非傳染性疾病等預防與控制；負責突發公共衛生事件和災害疫情應急處置工作；負責疫情及健康相關因素信息管理工作；負責食源性、環境性、職業性、放射性等健康危害因素監測與干預工作；負責疾病病原生物檢測與鑒定和物理、化學因子檢測工作；承擔健康教育與健康促進工作；負責疾病預防控制技術管理與應用研究指導等工作。同時掛有“雅安市促進基本公共衛生服務均等化指導中心”“雅安市家庭醫生簽約服務指導監督中心”和“雅安市腫瘤隨訪登記中心”的牌子。2017年12月通過四川省疾病預防控制機構評審委員會三級乙等疾控機構的現場評審。2018年11月率先在全省疾控系統中通過ISO全面質量管理體系評審。設有西南醫科大學、成都醫學院、雅安職業技術學院教學實踐基地。中心核定編制130人，其中管理崗位17個，專業技術崗位111個，工勤技能崗位2個。中心設綜合科、財務科、后勤科、業務科、急傳科、性艾科、慢病科、結麻科、健教科、免規科、地防科、衛生科、職輻科、微檢科、理化科、預防醫學門診共16個科室。“4.20”蘆山強烈地震災后中心異地重建，2016年整體搬遷至雨城區大興新區新址辦公。中心異地重建后占地面積24畝，建筑面積9960.41平方米，業務用房建筑面積7413平方米。建有獨立實驗室大樓，有艾滋病確認實驗室、國家碘缺乏病實驗室、流感PCR實驗室、結核病實驗室、寄生蟲病實驗室、麻疹風疹實驗室、食品檢測實驗室、水質檢測實驗室等。取得檢驗檢測機構資質認定證書、放射衛生技術服務機構資質證書、四川省職業健康檢查機構批準證書、職業病診斷機構批準證書4項資質。