內蒙古疾病預防控制中心是在原內蒙古疾病預防控制中心、內蒙古地方病防治研究中心和內蒙古結核病防治所3家單位基礎上，于2013年合并組建成立，是直屬自治區衛生健康委領導的副廳級公益性事業單位，加掛食品安全風險評估中心、內蒙古衛生檢驗檢測中心。中心主要承擔全區傳染性疾病、慢性非傳染性疾病、地方病、病媒生物傳播疾病等預防與控制;突發公共衛生事件應急處置和疫情報告;職業衛生、放射衛生、食品衛生和環境衛生等健康危害因素的監測與干預及科研教學等工作。中心建筑面積37400平方米，占地76畝，實驗室建筑總面積26000平方米，建有內蒙古自治區首座生物安全三級（P3）實驗室。現有2座鼠疫野外培訓基地，設有理化實驗室、微生物實驗室、艾滋病確證實驗室、麻疹實驗室、脊髓灰質炎實驗室、傳染病檢測實驗室、鼠疫實驗室、布病實驗室、衛生毒理實驗室、消殺實驗室、二級清潔動物實驗室等，共計建成28個生物安全二級實驗室，其中4個為自治區重點學科實驗室。中心現有大型儀器設備2000余臺件，包括基因測序儀、飛行質譜儀等，共計通過國家實驗室資質認定1100余項。中心新址建設有120㎡雙四路雙運營保障的B級模塊化機房，可同時滿足20套信息化系統的同步運行，目前中心已有和在建平臺包括：全面免疫規劃信息管理系統、中國疾控中心傳染病信息系統、職業衛生信息報告系統、食源性疾病管理系統、食品安全風險評估系統、實驗室管理系統等。