中心是2002年10月在原南通市衛(wèi)生防疫站、市皮膚病防治所、市健康教育所三個(gè)獨(dú)立法人單位基礎(chǔ)上撤并組建的財(cái)政全額撥款公益一類事業(yè)單位，位于市區(qū)工農(nóng)南路的南通市疾控中心大樓于2008年1月投入使用，主體11層，占地總面積9268平方米，建筑總面積14949.6平米（實(shí)驗(yàn)室6114平米）。中心所屬開發(fā)區(qū)分中心在市開發(fā)區(qū)異地辦公，占地4239平米，建筑面積3741平米，所屬流調(diào)基地位于通啟路，占地4503平米，建筑面積2507平米。主要職能：傳染病、地方病和寄生蟲病、慢性非傳染性疾病、預(yù)防控制；突發(fā)公共衛(wèi)生事件應(yīng)急處置；疫情及健康相關(guān)因素信息管理；健康危害因素監(jiān)測(cè)與控制；職業(yè)病、放射、環(huán)境危害因素控制，食品安全和食源性疾病預(yù)防控制，營(yíng)養(yǎng)監(jiān)測(cè)與營(yíng)養(yǎng)改善，學(xué)生常見病控制；微生物和寄生蟲病學(xué)檢測(cè)、理化檢測(cè)、毒理檢測(cè)與評(píng)價(jià)等實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)檢驗(yàn)與評(píng)價(jià)；技術(shù)管理與應(yīng)用研究指導(dǎo)等。