中心是2002年10月在原南通市衛生防疫站、市皮膚病防治所、市健康教育所三個獨立法人單位基礎上撤并組建的財政全額撥款公益一類事業單位，位于市區工農南路的南通市疾控中心大樓于2008年1月投入使用，主體11層，占地總面積9268平方米，建筑總面積14949.6平米（實驗室6114平米）。中心所屬開發區分中心在市開發區異地辦公，占地4239平米，建筑面積3741平米，所屬流調基地位于通啟路，占地4503平米，建筑面積2507平米。主要職能：傳染病、地方病和寄生蟲病、慢性非傳染性疾病、預防控制；突發公共衛生事件應急處置；疫情及健康相關因素信息管理；健康危害因素監測與控制；職業病、放射、環境危害因素控制，食品安全和食源性疾病預防控制，營養監測與營養改善，學生常見病控制；微生物和寄生蟲病學檢測、理化檢測、毒理檢測與評價等實驗室檢測檢驗與評價；技術管理與應用研究指導等。