中心成立于2001年6月，是由原市衛生防疫站、市健康教育所、市結核病防治所等6家單位合并組建而成的公益性事業單位�，F有編制361名，主要承擔全市傳染病、寄生蟲病、地方病、非傳染性疾病等預防與控制；突發公共衛生事件和災害疫情應急處置；疫情及健康相關因素信息管理；健康危害因素監測與干預；疾病病原微生物檢測、鑒定和物理、化學因子檢測、評價；健康教育與健康促進；疾病預防控制技術管理與應用研究等。同時還是全市基本公共衛生服務技術指導中心和食品安全風險監測市級中心，掛牌南京醫科大學附屬疾病預防控制中心。中心現有在編職工306人，包含紫竹林2號和3號兩個院區，占地面積1.8萬平方米，建筑面積1.48萬平方米，其中實驗室用房4100余平方米。配備萬元以上儀器設備490余臺，總價值8500余萬元，擁有省實驗室資質認定、實驗室國家認可、省職業衛生、放射衛生技術服務、艾滋病初篩、確證實驗室、寄生蟲病診斷參比實驗室、國家尿碘、鹽碘和流感監測網絡實驗室、國家致病菌識別網網絡實驗室、食品飲用水放射性污染應急監測實驗室、國家細菌性傳染病分子分型監測網絡實驗室、全國食源性疾病分子溯源網絡實驗室等多項資質。中心現有4個省級重點實驗室（食品安全風險監測重點實驗室-病毒領域、非法添加領域，重金屬領域實驗室，放射衛生重點實驗室）和2個市級醫學重點專科（傳染病預防控制、慢性病預防控制重點�？疲�。