中心是在撤消連云港市衛生防疫站、連云港市皮膚病防治所、連云港市健康教育所等 3個財政撥款事業單位的基礎上進行優化組合，重新組建而成，并于2002年4月28日正式掛牌，同時保留了“健康教育所”、“結核病防治所”、“放射衛生防護所”和“皮膚病防治所”四塊牌子。中心設有辦公室、黨辦（人事處）、監察室、財務科、總務科、科研質管科、綜合業務辦、急性傳染性疾病防制科、慢性傳染性疾病防制科、性病艾滋病防治科、免疫規劃科、慢性非傳染性疾病防制科、寄生蟲與地方病防制科、放射衛生與病媒生物科、食品與學校衛生科、職業與環境衛生科、檢驗科、健康教育科等18個科室。中心主要承擔了全市傳染病、寄生蟲病、地方病、非傳染性疾病等預防與控制；突發公共衛生事件和災害疫情應急處置；疫情及健康相關因素信息管理；健康危害因素監測與干預；疾病病原生物和理化檢測、鑒定、評價；健康教育與健康促進；疾病預防控制技術管理與應用研究指導等7大類260多項公共衛生職能。